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En la estructura organizativa del ICIA (ver organigrama) se diferencian claramente la dirección político-administrativa de la puramente científica. Bajo la superior dirección de la Presidencia, desempeñada por un Presidente con rango de Director General; la Dirección Científica dirige y supervisa la actividad científico-técnica del organismo, y la Secretaría General dirige y supervisa las actividades de carácter administrativo. Existen además el Consejo de Dirección, que es el órgano de participación del personal del ICIA en el asesoramiento a la Presidencia para el mejor desarrollo de sus funciones, y la Comisión Científica, que instrumenta la participación del personal científico y técnico en el asesoramiento para la programación y coordinación de las actividades científicas.
Además, la ley de creación del ICIA contempla un Consejo Asesor de Investigaciónes Agrarias, que asiste a la Consejería competente en materia de agricultura.